Peptidesequentie lezen: de eenletterige aminozuurcode uitgelegd

Elke peptide in het assortiment heeft een vaste volgorde van aminozuren, en die volgorde staat in een code van losse letters. Wie die code kan lezen, kan een COA en een massaspectrometrie-uitslag zelf controleren. Dat is precies het verschil tussen een leverancier vertrouwen en het zelf nagaan.

In deze gids leer je de eenletter- en drieletterscode, de leesrichting, de gangbare notatie voor modificaties en hoe je met een sequentie de massa op een certificaat narekent.

De twintig letters

Er zijn twintig standaard aminozuren, de bouwstenen van peptiden. Elk heeft een afkorting van drie letters en een code van een letter, vastgelegd door de gezamenlijke nomenclatuurcommissie van IUPAC en IUBMB. De eenlettercode is compact en wordt in databanken en op certificaten het meest gebruikt.

Let op de letters die niet logisch lijken: K is lysine, R is arginine, D is asparaginezuur, E is glutaminezuur, Q is glutamine, W is tryptofaan, Y is tyrosine en F is fenylalanine. Dat zijn de klassieke verwarringspunten.

De leesrichting: van N naar C

Een peptideketen heeft twee uiteinden. Aan het ene eind zit een vrije aminogroep, de N-terminus. Aan het andere eind een vrije carboxylgroep, de C-terminus. Volgens afspraak schrijf je een sequentie altijd van N-terminus links naar C-terminus rechts. GEP is dus een andere stof dan PEG.

1. Voorbeeld: BPC-157

De sequentie van BPC-157 is GEPPPGKPADDAGLV. Je leest: glycine, glutaminezuur, drie keer proline, glycine, lysine, proline, alanine, twee keer asparaginezuur, alanine, glycine, leucine, valine. Vijftien aminozuren. In drielettercode: Gly-Glu-Pro-Pro-Pro-Gly-Lys-Pro-Ala-Asp-Asp-Ala-Gly-Leu-Val.

2. Voorbeeld: GHK

GHK-Cu is het kortst denkbare voorbeeld: het tripeptide Gly-His-Lys, in eenlettercode GHK, met een gebonden koperion. De “-Cu” is geen aminozuur, maar het complex dat het peptide met koper vormt.

Modificaties in de notatie

Veel onderzoekspeptiden zijn geen kale ketens van standaard aminozuren. Modificaties staan met een vaste notatie in de sequentie.

• Ac- aan het begin: de N-terminus is geacetyleerd.
• -NH2 aan het eind: de C-terminus is een amide in plaats van een zuur.
• Kleine letter of D-voorvoegsel, zoals d-Ala of D-Ala: een D-aminozuur in plaats van de gewone L-vorm.
• Afkortingen tussen haakjes, zoals (Aib): een niet-standaard aminozuur. Aib, aminoisoboterzuur, komt onder meer voor in semaglutide.
• Haakjes of een lijn tussen twee C’s: een disulfidebrug tussen twee cysteines, of een cyclisch peptide.

De massa narekenen met de sequentie

Elk aminozuur draagt een vaste massa bij aan de keten. Tel je de residumassa’s op en voeg je een watermolecuul toe voor de twee uiteinden, dan heb je de massa van het peptide. Dat getal hoort terug te komen in de massaspectrometrie op het certificaat.

Twee dingen om op te letten. Een massaspectrum toont vaak ionen met meerdere ladingen. Een piek bij m/z 710 is dan geen verkeerde stof, maar hetzelfde peptide met twee protonen. En certificaten noemen soms de monoisotopische massa en soms de gemiddelde massa. Het verschil is klein, maar wel zichtbaar achter de komma.

Bij geavanceerde analyse wordt de keten in het apparaat in stukken gebroken. De brokstukken heten b- en y-ionen, naar de nomenclatuur van Roepstorff en Fohlman. Uit de massaverschillen tussen opeenvolgende brokstukken is de volgorde van de aminozuren terug te lezen.

Veelgestelde vragen

Hoe lees je een peptidesequentie?

Van links naar rechts, van de N-terminus naar de C-terminus. Elke letter staat voor een aminozuur, bijvoorbeeld G voor glycine en K voor lysine.

Wat is de sequentie van BPC-157?

GEPPPGKPADDAGLV, vijftien aminozuren, met een monoisotopische massa van ongeveer 1418,7 Da.

Wat betekent Ac- of -NH2 in een sequentie?

Ac- betekent een geacetyleerde N-terminus. -NH2 betekent dat de C-terminus een amide is in plaats van een vrij zuur.

Waarom staat er op de COA een massa van rond de 710 bij BPC-157?

Dat is het tweevoudig geladen ion [M+2H]2+. Het massaspectrum deelt de massa door de lading, dus het is hetzelfde peptide.

Wat is het verschil tussen de eenletter- en drieletterscode?

Dezelfde informatie in een andere vorm. De eenlettercode is compacter en gangbaar in databanken. De drieletterscode is beter leesbaar.

Bestellen en bezorging in Nederland

Chempeptides verzendt vanuit Nederland naar alle provincies. Onderzoeksgroepen in Amsterdam, Rotterdam, Utrecht, Leiden, Groningen, Nijmegen, Maastricht, Eindhoven, Delft en Wageningen ontvangen doorgaans binnen een tot twee werkdagen. Bestellingen die op werkdagen voor 12:00 uur binnenkomen gaan dezelfde dag de deur uit. Binnen Nederland is de verzending boven de 200 euro gratis, daaronder geldt het tarief dat in de winkelwagen zichtbaar is.

Bestellen en betalen binnen de EU

Ook buiten Nederland leveren we in de hele EU, in neutrale verpakking zonder opdruk en altijd met track and trace. Wil je gekoeld verzenden, kies dan bij het afrekenen voor cold packs. Voor bestellingen buiten Nederland gelden de normale verzendtarieven, die je terugvindt op de verzendpagina.

Kwaliteitscriteria voor research grade

• HPLC-zuiverheid van minimaal 99 procent, geverifieerd per batch
• Massaspectrometrische bevestiging van de moleculaire identiteit
• Certificaat van analyse beschikbaar bij elke bestelling
• Verzegeld en batch-getraceerd, van productie tot aflevering
• Gekoeld verzenden met cold packs mogelijk
• Discrete verzending in neutrale verpakking

Betalen met iDEAL of Wero bij Chempeptides

Reken veilig af met iDEAL of Wero. Je bevestigt de betaling in je eigen bankapp, met het bedrag en het ordernummer al ingevuld. Omdat de betaling meteen binnen is, kan je bestelling dezelfde werkdag worden ingepakt. Werkt je onderzoeksgroep met inkoopordernummers, dan is betalen op factuur op aanvraag mogelijk.

Conclusie

Een sequentie is de identiteit van een peptide in letters. Met de twintig codes, de leesrichting van N naar C en de notatie voor modificaties kun je elke sequentie lezen. Met de residumassa’s reken je bovendien zelf na of de massa op het certificaat klopt.

Leg de sequentie altijd naast de massaspectrometrie op het certificaat van analyse. Bekijk het assortiment onderzoekspeptiden met certificaat per batch.

Belangrijke bronnen:

• IUPAC-IUB Joint Commission on Biochemical Nomenclature. Nomenclature and symbolism for amino acids and peptides. European Journal of Biochemistry, 1984;138(1):9-37.
• Roepstorff P, Fohlman J. Proposal for a common nomenclature for sequence ions in mass spectra of peptides. Biomedical Mass Spectrometry, 1984;11(11):601.
• Biemann K. Contributions of mass spectrometry to peptide and protein structure. Biomedical and Environmental Mass Spectrometry, 1988;16(1-12):99-111.

Research-grade materiaal bij Chempeptides

De meest gebruikte research peptiden uit onze catalogus:

Retatrutide 10mg€ 90,00BPC 157 10mg€ 70,00GHK-Cu 100mg€ 90,00Ipamorelin 10mg€ 40,00

Betalen met iDEAL of Wero. Verzending in discrete verpakking vanuit Nederland. Uitsluitend voor laboratorium- en onderzoeksdoeleinden.